因古飛仙關(guān)城而得名。清末民初，屬水東鄉(xiāng)轄地。民國(guó)25年（1936年），置飛仙鄉(xiāng)聯(lián)保。民國(guó)29年（1340年），改聯(lián)保為鄉(xiāng)（鎮(zhèn)），先置飛仙鎮(zhèn)，后改為飛仙鄉(xiāng)。解放后，沿用飛仙鄉(xiāng)名。1958年，與鳳禾鄉(xiāng)合并建立白家店人民公社。1961年與鳳禾劃開為飛仙人民公社。1984年3月改公社為鄉(xiāng)。2004年7月，又與鳳禾鄉(xiāng)合并為飛仙關(guān)鎮(zhèn)。